Monstros grotescos, parecidos com Godzilla e chamados kaijuu, assolam o Japão há muitos anos. Para combater essas feras, a unidade militar de elite conhecida como Corpo de Defesa arrisca suas vidas diariamente para proteger os civis. Quando uma criatura morre, os varredores da Professional Kaijuu Cleaner Corporation descartam seus restos mortais.
Kafka Hibino, um homem de 32 anos, está insatisfeito com seu trabalho como varredor. Desde jovem, ele aspirava a ingressar no Corpo de Defesa e ganhar a vida combatendo kaijuus. Após várias tentativas fracassadas, resignou-se à mediocridade que lhe proporcionava um salário decente.
No entanto, a chegada de Leno Ichikawa, um ambicioso recruta de 18 anos, reacende seu desejo de se juntar ao exército. Após uma série de eventos infelizes e um encontro com o jovem varredor, Kafka encontra um kaijuu parasita que entra em seu corpo pela boca, transformando-o em um monstro humanóide. Agora, com novos poderes, Kafka está determinado a realizar o sonho de sua vida.
